• Centro Latino-Americano de Estudos de Violência e Saúde Jorge Careli
• Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana
• Centro de Referência Professor Hélio Fraga
• Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria
• Departamento de Administração e Planejamento em Saúde
• Departamento de Ciências Biológicas
• Departamento de Ciências Sociais
• Departamento de Endemias Samuel Pessoa
• Departamento de Epidemiologia e Métodos Quantitativos em Saúde
• Departamento de Saneamento e Saúde Ambiental
• Núcleo de Assistência Farmacêutica

Núcleos

• Núcleo de DST/AIDS
• Núcleo de Estudos Político-Sociais em Saúde
• Núcleo de Tecnologia e Logística em Saúde
• Observatório de Recursos Humanos em Saúde

Coordenações

• Coordenação de Educação a Distância
• Coordenação de Comunicação Institucional

Vice-Diretorias

• Vice-Diretoria de Pós-Graduação
• Vice-Diretoria de Escola de Governo em Saúde
• Vice-Diretoria de Desenvolvimento Institucional e Gestão
• Vice-Diretoria de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico