A Estrutura da Escola está organizada em quatro vice-diretorias integrantes da Direção (Pós-Graduação, Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico, Escola de Governo em Saúde e Desenvolvimento Institucional e Gestão) e em oito departamentos, onde estão distribuídos seus pesquisadores: DCS – Departamento de Ciências Sociais; DEMQS – Departamento de Epidemiologia e Métodos Quantitativos em Saúde; DAPS – Departamento de Administração e Planejamento em Saúde; DCB – Departamento de Ciências Biológicas; DSSA – Departamento de Saneamento e Saúde Ambiental; DENSP – Departamento de Endemias Samuel Pessoa; CESTEH – Centro de Estudos da Saúde do Trabalhador e Ecologia Humana e CSEGSF – Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria.
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