A Editora Fiocruz é voltada para o campo da saúde e seus múltiplos aspectos. Está organizada em torno de quatro eixos temáticos: saúde pública; ciências biológicas e biomédicas em saúde; ciências clínicas; ciências sociais e humanas em saúde. Atualmente, conta com mais de 200 títulos publicados.
No site da Editora, na seção Catálogo, o usuário encontra livros por classificação alfabética ou temática. Ao clicar no título, é possível acessar resenhas, reprodução da capa e informações sobre o livro.
A editora conta com uma Livraria no hall da Biblioteca Central da Fiocruz, localizada no campus de Manguinhos.
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